Kök-anlamlılık yöntemi, Kur'an'ı yorumlama biçimlerinden biridir ve esas itibarıyla linguistik/semantik bir analiz tarzıdır. Kelime tahliline dayalı bu yöntemde, her bir kelimenin, zamana ve subjektif etkilere karşı dayanıklı bir 'öz anlam'ı olduğu düşüncesinden hareket edilir. Buna göre, bu öz anlam yakalandığı zaman, kelimelerin 'anlam' alanlarına ilişkin isabetli değerlendirmeler yapabilmek mümkündür. Söz konusu olan Kur'an kelimeleri ise, Arap dilinin (özel isimler hariç) 'fiil-bazlı' kelimelerden oluştuğu söylenebilir. Burada yapılması gereken, her bir kelimeye 'öz anlam'ı veren fiilin doğru bir biçimde tespit edilmesidir. Bu yapılabildiği ölçüde, Kur'an ayetlerinin isabetli bir şekilde yorumlanması da mümkün olabilecektir.
Bu bağlamda yakın-anlamlılık, çok-anlamlılık tartışmaları önem kazanmaktadır. Bilindiği gibi, yakın anlamlı kelimeler, özellikle, günlük kullanımda birbirlerine sıkça karıştırılabilmektedir. Örneğin, atlama, zıplama ve hoplama terimleri yakın anlamlı kelimelerdir. Mesafe farklılıkları ve eylemin yönüne göre farklı isim alan bu kelimeler, günlük kullanımda, çoklukla birbirlerinin yerine kullanılabilmektedir. Bu ise, anlam kaymalarının önemli nedenlerinden biridir. Doğru olan, her bir eylemin anlam içeriğini doğru olarak bilmek ve uygun yerlerde uygun kelimeleri kullanmaktır. Kur'an kelimeleri için de aynı kuralı işletmek mümkündür. Kur'an kelimelerinin kök-anlamlarında da sabit birer fiil vardır. Bu fiil/eylem doğru tespit edilebildiği zaman, o kelimenin doğru anlamını vermek mümkün olacaktır. Kur'an kelimelerini anlamlandırırken, anlam kaymalarına sebebiyet vermemek için, yakın anlamlı kelimelerin birbirlerinden farkını iyi bilmek gerekir. Örneğin sa-na-e, fe-a-le ve a-me-le fiilleri, 'yapma' eyleminin farklı biçimlerine karşılık gelir ve her birinin öz anlamı aslında farklıdır. Eğer bu fark bilinmezse, meal veya tefsire bunu yansıtmak mümkün olmayacaktır. Bu fark iyi bilinirse de, "Vallahu ya'lemu ma tasnaun" ayeti ile "vallahu ya'lemu ma yef'alun" ayetinin doğru anlamları verilebilecektir. Mealler, ilk ayeti, Türkçe'nin imkanlarının kısıtlılığı yüzünden, "Allah, yaptıklarınızı bilir" şeklinde tercüme ederler ki, bu cümle, ayetin manasını tam olarak yansıtmamaktadır. Burada, aslında "özel hüner ve beceri gerektiren, plan, kumpas, komplo vb. işler" kastedilmektedir. İkinci ayeti ise, günlük kullanımdaki "Allah, yaptıklarınızı bilir" şeklinde çevirmekte bir beis yoktur. Çünkü burada, Allah'ın bildiğini beyan buyurduğu eylemler, normal 'fiiller'dir. İşte bu yüzden, bu iki yakın-anlamlı kelimenin özünde yer alan asli/sabit eylemin bilinmesi, meal veya tefsirin doğru yapılabilmesi için elzemdir.
Bu yöntemin, bütün Kur'an kelimelerine uygulanması mümkündür. Bu yapıldığında, tefsir alanında da önemli açılımlar sağlanabilecektir. Örneğin ke-fe-re fiilinin kök anlamının "bir şeyin üzerini örtmek" olduğu bilindiği zaman, 'kafirun', 'küffar' gibi kelimeleri doğru şekilde anlamlandırmak mümkün olabilecektir. Küffar veya 'kafirun' kelimeleri, buna göre, 'örtenler' anlamına gelebilecektir ve kimi zaman 'çiftçiler'i, kimi zaman da, Allah'ın hak olarak inzal ettiği ayetlerin üzerini 'örtenler'i karşılayabilecektir. Peki bu nasıl olabilecektir? Burada, kelimelerin tamlayıcı öğelerine (tümleç, özne, siyak-sibak vs.) müracaat edilmelidir. Eğer bu yapılırsa, kelimenin ayet içerisindeki asıl anlamı kolaylıkla bulunabilecektir. Örneğin Hadid Suresi, 20. ayette, 'küffar' kelimesi, 'çiftçiler'e karşılık gelmektedir. Ayet şöyledir: "Bilin ki, dünya hayatı ancak bir oyun, bir eğlence, bir süs, aranızda karşılıklı bir övünme, çok mal ve evlat sahibi olma yarışından ibarettir. (Nihayet hepsi yok olur gider). Tıpkı şöyle: Bir yağmur ki, bitirdiği bitki çiftçilerin (el-küffar) hoşuna gider. Sonra kurumaya yüz tutar da sen onu sararmış olarak görürsün. Sonra da çer çöp olur. Ahirette ise (dünyadaki amele göre ya) çetin bir azap ve(ya) Allah'ın mağfiret ve rızası vardır. Dünya hayatı, aldanış metaından başka bir şey değildir." Peki burada çoğul ve mübalağa sigasıyla 'küffar' (örtenler) kelimesi niçin 'çiftçiler' olarak tercüme edilmektedir? Çünkü ayetin iç bağlamları bunu gerektirmektedir. Kur'an kelimelerinin bu özelliğinin iyi görüldüğü bir diğer ayeti ise, Firavun ile Hz. Musa arasındaki diyalogda görebilmekteyiz. Şuara Suresi'nin 18 ve 19. ayetlerinde de, 'kafirin' kelimesinin, günlük kullanımda bilinenin aksine bir kullanımıyla karşılaşmaktayız. Ayetler şöyledir: "Firavun şöyle dedi: Seni biz küçük bir çocuk olarak alıp aramızda büyütmedik mi? Sen ömrünün nice yıllarını aramızda geçirdin. (Böyle iken) sen yapacağını yaptın (adam öldürdün). Sen kafirlerdensin." Ayetin bu son cümlesini mealler "sen nankörlerdensin" şeklinde tercüme etmektedirler ama orijinal metinde kullanılan kelime 'kafirin'dir. Yani Firavun, Hz. Musa'yı, (yalın anlamda düşünecek olursak) 'kafirlerden olmakla' itham etmektedir! Halbuki, Türkçe'de 'kafir' kelimesinin bütün kullanımları 'itidaki' alan içerisindedir ve günlük dilde hiç kimse, bu kelimeyi 'örtenler' olarak kullanmamaktadır. Fakat Kur'an kelimelerine böyle bakmamak gerekir. Kur'an kelimelerine, 'kök-anlamlar'ı bazında bakmak gerekir ve böyle yapıldığında ayetin kast ettiği mana daha iyi anlaşılabilecektir. Nitekim bu ayette Firavun, Hz. Musa'yı, tabir-i caizse 'köşeye sıkıştırma'ya çalışmakta ve bebekliğinden beri ona bakıp büyütmüş olmasını, bir 'minnet' unsuru olarak sunmaktadır. Sonra da, güya Hz. Musa'ya bahşetmiş olduğu nimetin karşılığı olarak, Hz. Musa'dan minnet göstermesini beklemekte ve bunu yapmadığı için de, Hz. Musa'yı 'kafirlerden olmakla' suçlamaktadır. İşte bu kullanım, gerçekten bizim Kur'an kelimelerinin yapısı hakkında söylemek istediğimiz şeyin tipik bir örneğidir. Burada, tabir-i caizse Firavun, Hz. Musa'yı 'kafirlerden' olmakla suçlamaktadır; halbuki halkın geneli, sadece Hz. Musa'nın Firavun'u 'kafirlerden' olmakla suçlayabileceğini sanmaktadır! Bu kullanımı "ve yukeffir ankum seyyiatikum" (O, sizin kötülüklerinizi örter) ayetinde de görmek mümkündür. Burada da 'örtülen şey', günah anlamındaki kötülüklerdir.
Yakın-anlamlılık sorununun, kök-anlamlılık yöntemiyle çözüme kavuşturulması, çok-anlamlılık sorununu da bir anlamda çözmeye yarar. Çünkü esas itibarıyla çok-anlamlılık, günlük kullanımlardan kaynaklanmaktadır. Burada öznel yargılar ve nefsi faktörler devreye girmektedir. Bunların üstesinden gelebilmek için, kelimenin kök-anlamıyla, bağlamlar arasındakı irtibatın iyi kurulmasına dikkat edilmelidir. Örneğin 'zikr' kelimesinin, lügatlerde bir düzine anlamı bulunmaktadır. Halbuki dikkatli bir gözle bakıldığında, 'zikr' kelimesine karşılık olarak kullanılan, Kur'an, Tevrat, namaz, öğüt vs. gibi anlamların 'ortak paydası' (yani 'kök-anlam') kolaylıkla görülebilir. Evet, Kur'an, kimi yerde 'zikr' derken, Kur'an'ı kimi yerde de Tevrat'ı kast etmektedir. Ancak her iki yerde de, 'kök-anlam' olan 'hatırlama' fiili korunmuştur. Yani 'zikr' kelimesi ile Kur'an'ın kast edildiği yerde, Kur'an'ın 'hatırlatıcı'lık özelliği, Tevrat'ın kast edildiği yerde de, Tevrat'ın 'hatırlatıcılık' özelliğinin altı çizilmektedir. Yoksa her 'zikr' kelimesinin geçtiği yere Kur'an veya Tevrat kelimeleri konulamaz. Bu hususu, Kur'an'ın başka ayetlerde 'şifa', 'hüda', 'nur' olarak adlandırıldığını bildiğimizde daha iyi anlarız. Bu kelimelerle de kast edilen şey, Kur'an vahyinin belli bir 'vasfı'dır. Orada o vasfa vurgu yapılmakta, 'zikr' kelimesinin geçtiği yerde de 'hatırlatıcılık' vasfına vurgu yapılmaktadır. Çok-anlamlılık meselesini de özetle bu şekilde çözümlemek mümkündür.
Bütün bu kullanımların gösterdiği şey ise şudur: Kur'an kelimelerinin 'kök-anlamları' bilindiği taktirde, ayetlerin bağlamları içerisinde doğru anlamlandırılmaları mümkün olabilecektir. Burada tek istisna, 'deyimler' kalmaktadır. Fakat deyimler için de şu söylenebilir: deyimler, en az iki kelimeden oluştukları için, kelimeler deyimler içinde farklı bir mahiyet kazanabilirler. Bu, dilin özelliğidir. Kök-anlamlılık yöntemi, zaten, 'kelime' üzerinde uygulanabilecek olan bir yöntemdir. Fakat deyimlerde bile, terkibin, kelimeden tam manasıyla bağımsız bir anlam kazandığı söylenemez. Örneğin, 'göze gelmek' deyiminde, 'göz' yerine 'kulak' veya 'dil' gibi organlar kullanılamaz. Çünkü bu deyimin oluşma sürecinde dahi, belirleyici olan kelime 'göz'dür. Burada göz organı ile ilgili bir 'işlev' söz konusudur. Zaten 'göze gelmek' tabiri de, sonuçta tek bir eylemi karşılamaktadır. Fakat burada farklı olan, iki kelimeden müteşekkil tek bir 'eylem'dir. Deyimlerin, normal tek eylemli tek kelimelerden farkı da budur.