Kurulduğu 1947 yılından bu yana geçen 60 yılın çoğunda Pakistan askerler tarafından yönetildi. Şimdilerde askeri yönetimle demokrasi karışımı bir rejime sahip.
Askeri yöneticilerin sonuncusu olan General Pervez Müşerref, 1999'da bir darbeyle iktidara el koyduktan sonra seçimle gelen eski başbakanlar Benazir Butto ve Navaz Şerif'e siyaset yasağı getirdi. İkisi de ülkeyi terk etti. İkisi de yolsuzlukla suçlandı ve yargılandı.
11 Eylül saldırılarından sonra Müşerref, Taliban'a karşı ABD'nin yanında yer aldı. 2002'de yapılan bir (sözde) referandumla, üniformayı çıkarmadan Başkan seçildi. Aralık 2003'te radikal İslamcıların düzenlediği iki suikast girişiminden kurtuldu. Mart 2007'de yargıyla çatıştı. Yüksek Mahkeme'nin başkanı ve sekiz üyesini görevden aldı. Ağustos 2007'de ülkeye dönen Navaz Şerif havaalanından geri çevrildi. Eylül'de Müşerref, parlamento tarafından tekrar başkan seçilirse üniformasını çıkaracağını açıkladı. Ekim'de Butto aleyhindeki yolsuzluk iddiaları geri alındı. Bu, Müşerref ile Butto arasında bir "iktidar paylaşımı" anlaşması yapıldığı şeklinde yorumlandı.
6 Ekim'de Müşerref, parlamento tarafından yeniden 5 yıllığına Başkan seçildi. 18 Ekim'de Butto ülkesine döndü. Karşılanması sırasında patlayan iki bomba 130 kişinin ölümüne neden oldu. Butto, suikast girişiminden radikal İslamcıları sorumlu tuttu. Müşerref, 3 Kasım'da sıkıyönetim ilan edip, anayasayı yürürlükten kaldırdı. Muhalefet ve Bush yönetimi seçim için bastırınca, 15 Aralık'ta sıkıyönetime son verilmesine ve oylamanın 8 Ocak'ta yapılmasına karar verdi. 25 Kasım'da Navaz Şerif'in ülkeye girmesine izin verilmesi Müşerref'in, Butto'nun fazla güçlenmesini önlemeye yönelik bir adımı olarak yorumlandı. Müşerref, 29 Kasım'da üniformasını çıkardı ve ordu komutanlığını (Taliban'ın eski sponsoru olmakla da maruf) istihbarat örgütünün (ISI) eski başkanı General Eşfak Kayani'ye devretti. Ve 27 Aralık'ta Benazir Butto, babası Başbakan Zülfikar Ali Butto'nun Gen. Ziya Ül Hak tarafından asıldığı yer olan Ravalpindi'de, bir seçim toplantısı sonrasında öldürüldü.
Şimdi, suikastın arkasında kimin olduğu, seçimlerin yapılıp yapılmayacağı, nükleer silahlara sahip Pakistan'ın nereye gittiği üzerine spekülasyonlar yapılıyor. Güvenle söylenebilecek tek şey, iktidarın ordunun elinde olmaya devam edeceği. Zira Pakistan'da ordu, belki başka hiçbir ülkede görülmediği ölçüde devletle özdeş. Ordunun ekonomideki yeri de, başka hiçbir ülkede görülmediği ölçüde geniş. Muvazzaf, yani görevdeki subaylar tarafından yönetilen askeri vakıfların sigorta, inşaat, kargo, tarımsal üretim, emlak, petrol ve doğalgaz, havayolu şirketleri, bankaları, radyo ve televizyon istasyonları, orta ve yüksek eğitim kurumları var. Pakistan Deniz Kuvvetleri Araştırma Merkezi'nin eski direktörü ve "Military Inc.: Inside Pakistan's Military Economy / Askeri A.Ş.: Pakistan'ın Askerî Ekonomisine İçeriden Bakış" (Pluto Press, Nisan 2007) adlı kitabın yazarı Ayşe Sıddıka, Pakistan'da generallerin ülkenin büyük toprak sahiplerine paralel bir feodal sınıf oluşturduğunu söylüyor.
Askeri sektörün ticarî faaliyetlerdeki payı GSMH'nın % 4'ünü oluşturuyor. Ticari varlıklarının toplam değeri 4 milyar dolar. Askerlerin sahip olduğu araziler de eklenirse, rakam 20 milyar doları buluyor. Ordunun 100 ticari girişiminden sadece 9'u borsaya kayıtlı. Diğerleri herhangi bir mali denetime tabi değil. Hazineye ait toprakların % 12'si ordunun elinde. Sömürge döneminden kalan yasalar uyarınca kamulaştırılan araziler, çok ucuz fiyatlarla subaylara satılıyor. Rütbe yükseldikçe subayların satın alabildikleri arazi miktarı büyüyor. Bir general emekli olduğunda 10 milyon dolarlık araziye sahip olabiliyor. (Bkz. Ehsan Masood, "Pakistan: The army as the state / Pakistan: Devlet olarak ordu", Open Democracy.) Ayşe Sıddıka'ya göre, ordunun ekonomi içinde tuttuğu yer, Pakistan'ın demokratikleşmesinin önündeki en büyük engel (Bkz: "Pakistan's permanent crisis / Pakistan'ın sürekli krizi", Open Democracy).